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Jan-Ulrich Sobisch studierte 1985‒1992 an der Universität Hamburg Tibetologie, Klassische Indologie, und Philosophie. In seiner Dissertation beschäftigte er sich mit der Einbettung der tantrischen Lehren in den Buddhismus in Tibet. 1994‒1999 arbeitete er im Nepal-German Manuscript Preservation Project (NGMPP) und entdeckte 30 handschriftliche Bände eines der bedeutensten Historiker und Autoren tantrischer Werke Tibets (A mes zhabs, 1597‒1659). Von 2000‒2003 forschte er an diesen Werken in München an der Ludwig-Maximillians-Universität und veröffentlichte zwei Monographien zu diesen Handschriften, in denen er u.a. das tibetische Genre der „Überlieferungsdokumentation“ (gsan yig, thob yig) und die tantrische Lam ʼbras- und Hevajra-Literatur in Indien und Tibet untersuchte.

Im Jahre 2003 übernahm er die Stelle eines Assistenzprofessors in Kopenhagen und war dort 2006‒2016 als Professor für Tibetologie tätig. 2017 forschte er am Käte Hamburger Kolleg Fate, Freedom and Prognostication der Friedrich-Alexander-Universität in Erlangen und veröffentlichte ein Monographie zu tibetischen Methoden der Würfel- und Mālā-Divination. Mit dem deutschen Humboldt-Forschungspreis in Anerkennung seiner Forschungsleistungen ging er 2018 an das Centrum für Religionswissenschaftliche Studien (CERES) an der Ruhr-Universität Bochum, wo er seit dem zu Traditionsbildungsprozessen in Tibet forscht und sich mit Fragen der Beziehungen zwischen Religion und Wissenschaft und der Bedeutung religiöser Konzepte für die Aussöhnung von internationalen Konflikten beschäftigte.

2020 veröffentlichte er als Ergebnis von 15 Jahren intensiver Forschung eine Studie zu einem der buddhistischen Klassiker Tibets, die Eine Intention (dGongs gcig). Seit April 2021 ist er für ein Jahr als Vertretungsprofessor an die Ludwig-Maximilians-Universität München ausgeliehen.